El Instituto de Estudios Ecologistas del Tercer Mundo surge en un período en que la crisis ambiental ya se evidenciaba a nivel local y global. Por una parte la primera Cumbre de la Tierra realizada en Río de Janeiro en 1992 daba cuenta del grave deterioro del planeta debido a la deforestación, la pérdida de biodiversidad y el cambio climático. Por otra parte, en el Ecuador y otros países de la región y el Sur Global se multiplicaban los conflictos socioambientales del extractivismo petrolero, minero y agroindustrial, sumado a la construcción de grandes obras de infraestructura.

Sin embargo, en el análisis de esta problemática primaba el pensamiento ambientalista del Norte que señalaba a la pobreza como principal causante del daño ambiental, ocultando el papel de las corporaciones transnacionales y de las instituciones financieras internacionales en esta realidad; y se proponía como solución el Desarrollo Sustentable.

Frente a ello surge desde el Sur, la Ecología Política, como enfoque que politiza la problemática socio-ambiental, ubica las relaciones de poder en las decisiones sobre los recursos naturales, e identifica intereses y responsabilidades en la explotación de la naturaleza, la apropiación de los territorios y el despojo a los pueblos, las comunidades campesinas y pescadoras. Se pone de manifiesto el Ecologismo Popular, que pone en primera persona las luchas en defensa de los espacios de vida local y la naturaleza.

Es en este contexto que en 1996 nace el Instituto de Estudios Ecologistas del Tercer Mundo, como un espacio que convoca a construir un pensamiento ecologista desde la perspectiva de los pueblos del Sur, aportando al fortalecimiento de las luchas en defensa de los pueblos, los territorios y la naturaleza.

El Instituto ha aportado con nuevos temas y enfoques, entre otros, los relacionados con la biodiversidad y biopiratería, bosques y plantaciones forestales, la relación entre la deuda externa y la deuda ecológica, los impactos de los tratados de libre comercio, los conflictos ecológicos locales y globales, las mujeres como defensoras de los territorios y la soberanía alimentaria, el cambio climático, el capitalismo verde, los mercados de carbono, la ecología política del alimento, la economía ecológica, el derecho ambiental, los impactos sociales y ambientales de las nuevas tecnologías, la historia ecológica, los derechos de la naturaleza.

Durante su trayectoria ha contado con la participación de las principales voces de la ecología política y del ecologismo popular, vinculando la problemática local con la global. El Instituto ha evidenciado la importancia de la lucha de los pueblos indígenas para la defensa de la naturaleza, y de la alianza entre el ecologismo y los pueblos ancestrales y campesinos.

A través de sus espacios de encuentro, reflexión, formación e investigación ha contribuido para la creación de una conciencia ecologista desde el Sur.